La Chora de Mykonos, contrairement aux autres « choras » qui sont érigées sur le sommet d'une colline, est elle construite en amphithéâtre au bord de la mer. Ce qui en fait son charme c'est le manque total d'urbanisme ainsi que l'architecture populaire née de l'ingéniosité de l'artisan Mykoniote, qui a su tirer parti de tous les matériaux locaux et les adapter aux conditions climatiques particulières : vents violents, grand ensoleillement.
Le bourg de Mykonos, qui connut sa plus vaste expansion après la seconde guerre mondiale, s'est développé autour du quartier du « kastro ». Celui-ci était constitué par les façades extérieures des maisons qui formaient un rempart.
L'impression donnée par Chora est celle d'un ensemble compact de maisons accolées les unes aux autres, et reliées entre elles au milieu d'un labyrinthe inextricable d'où partent d'innombrables petites ruelles dallées.
Les maisons sont presque toutes à deux étages.
L'accès au premier étage se fait toujours par un escalier extérieur agrémenté par des pots de fleur aux couleurs vives, et qui mène à un balcon. A l'époque pour gagner de l'espace on construisait au dessus de la rue entre deux maisons des chambres. Il n'y en a plus beaucoup de nos jours. En revanche subsistent les « voltas » (voûtes) qui servaient à les soutenir.
Les maisons se ressemblent toutes. Ce qui les différencie c'est d'une part la couleur vive dont sont peints les balustrades, les portails, les fenêtres et les portes et d'autre part la variété de ses cheminées : la plus pauvre est une sorte de jarre d'argile percée de trous irréguliers, d'autres n'ont qu'un chapeau pointu fait de deux tuiles qui se rejoignent par le haut, mais les plus nombreuses sont de vrais édifices, ajourées de bas en haut, surmontées d'une petite coupole et parfois même d'une girouette.
Malgré la multitude de boutiques, restaurants et bars, la ville garde un caractère pittoresque et attirant.
Les quartiers les plus connus de Mykonos sont :
-le quartier du Kastro avec l'église de la Paraportianni - construite à l'époque byzantine
-le quartier d'Alefkandra qui englobe la Petite Venise et les Moulins à Vents.
Les maisons de la « Petite Venise », dont les plus anciennes datent du milieu du XVIIIe siècle appartenaient à de riches commerçants et capitaines et diffèrent nettement des autres constructions de Chora. Elles sont en général plus hautes, avec trois étages et des espaces intérieurs spacieux. Elles avaient une autre particularité d'avoir des portes donnant sur la mer et qui permettaient d'accéder directement, ou par des cours, à des entrepôts souterrains - qui autrefois servaient à cacher le butin de la piraterie. Quant aux fameux moulins, érigés sur un promontoire, ils font le bonheur des touristes qui s'y massent pour admirer le coucher de soleil.
- le vieux port de Mykonos, reste un quartier animé avec son marché aux poissons (tôt le matin) et quais bordés de nombreux cafés, restaurants, - et boutiques.
C'est de là que se font les départs pour visiter Délos.
De nos jours, la ville de Mykonos continue de s'étendre sur les collines.